在对靶向肿瘤学的采访中，医学博士杰弗里·奥克斯纳德讨论了cfDNA全基因组测序的前景.
Geoffrey R.Oxnard，医学博士
Geoffrey R.Oxnard，医学博士
根据循环癌基因组图谱（CCGA）研究的结果，早期肺癌可通过全基因组测序方法在无细胞DNA（cfDNA）中检测到。
主要作者，医学博士Geoffrey R.Oxnard，他说，这项前瞻性的纵向队列试验是为了开发一种无创的癌症检测方法。
共有12292名患者入选，70%的患者患有癌症，30%的患者没有，这项研究观察了两个最初的队列，它们是由一个训练集（1733个临床可评估样本，127个肺癌阳性）和一个测试集（n=980个临床可评估样本，47个肺癌阳性）。
3个原型测序分析包括对cfDNA和白细胞（WBC）的单核苷酸变异/索引的靶向测序；对cfDNA和WBC的全基因组测序（WGS）的拷贝数变异；以及cfDNA的全基因组测序亚硫酸氢盐甲基化测序（WGBS）。结果显示，在127例肺癌患者中，WGBS法检测到41%的I-iia期癌症和89%的IIIB-IV期癌症。此外，随着肿瘤进展的更高阶段，肿瘤的信号增加。在相同的人群中，WGS和靶向分析同样有效，分别检测到38%和51%的早期癌症和87%和89%的晚期癌症。“Kdspekdsp
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”“我们能够瞄准高特异性并达到98%的特异性，”Oxnard说，下一步将应用于这些发现为所有肺癌患者的最终临床实用性提供了一个通用的诊断测试。
这些发现表明，在组织学亚型中，如腺癌、鳞癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、肺癌、，以及小细胞。
在接受哈佛医学院医学副教授、达纳法伯癌症研究所胸肿瘤专家奥克斯纳德的采访时，讨论了cfDNA全基因组测序的前景。
靶向肿瘤学：CCGA研究的基本原理是什么
”
Oxnard：目前，为了照顾晚期肺癌患者，我们正在使用血液检测来寻找突变。血浆基因型，即cfDNA的分析。如果你发现了一个突变，那就是“anEGFRor抗性突变”，你已经有足够的证据开始治疗了。这些血液测试被广泛采用，并产生了影响。问题是，“我们能用同样的方法检测癌症吗？
这需要非常不同的方法。广泛的测序正在寻找癌症的任何信号。然而，也许我们可以填补一个未满足的需要。我们知道，肺癌的CT筛查是有效的，可以提高生存率。不过，它并没有被广泛采用。为什么？可能是物流或误报之类的。或许血液测试是一个未被开发的机会。
因此，这项研究吸引了15000名参与者。我们正在报告一个预先指定的分析，看看这些方法是如何工作的。这些群体具有可比性，年龄、性别和其他人口统计学特征非常相似。有3种并行排序方法。一个是对507个基因的大靶向分析。其次，我们使用广泛的测序或全基因组测序。我们也在进行全基因组甲基化。[后2]可能从来没有做过，或者至少从来没有发表过cfDNA。
另一个关键组成部分是白细胞的测序。无论是p53基因还是orKRAS基因，它们都富含突变。三种测序方法的检测率相似。检测率在训练集和测试集中得到验证。我们可以发现吸烟者，不吸烟者，以及所有阶段和组织学上有症状的肺癌。我刚才很怀疑。但是，我们一种真正具有高度特异性的癌症检测方法。
因此，下一步该怎么办？我们需要做的是把这些广泛的测序方法变成一种诊断方法。我们需要把所有这些发现转化为一种能真正造福患者的测试。临床应用是目标。我们希望从长远来看，这能切实改善患者的预后。
靶向肿瘤：什么时候是进行此类血液检测的最佳时机
”
Oxnard:现在很难预料。我们不知道这个分析的最终结果。它仍处于早期阶段。直观地说，任何筛查方法都最好应用于高危人群。这取决于假阳性率和其他一些因素。它可以作为其他筛查方法的补充吗？你如何把它付诸实践？这些都是很重要的。在我们进行最后的测试之前，我们还不知道。
靶向肿瘤：除了肺癌之外，它还能应用于其他类型的肿瘤吗
”
Oxnard：确实，通过观察血液中的这些基因组信号，你可以发现除了肺癌之外的其他癌症。事实上，根据你看到的信号，你可以预测它们是什么类型的肿瘤。你可以假设有患肺癌风险的人有患各种癌症的风险。所有这些癌症在基因上都是不同的。因此，这次血液检测带来了一些潜在的，但也潜在的困惑。
靶向肿瘤：还有什么你想补充的吗
”
引用：
Oxnard G，Maddala T，Hubbell E，et all。从血浆游离DNA（cfDNA）检测早期肺癌的全基因组测序：循环癌基因组图谱（CCGA）研究。临床肿瘤学杂志。2018；36（增刊；abstr LBA8501）。
Oxnard：值得一提的是，这种癌症检测试验与我们目前在临床上使用的不同。如果你想在家里用普通的[下一代测序]面板来做这件事，你会遇到各种各样的问题。你会发现p53突变根本不是癌症，它们只是与白细胞有关。我们需要被癌症基因分型的进展所激励，但是还有更多的调整要覆盖
