通过对肝细胞癌患者肿瘤组织样本的基因分型分析，发现了肝癌患者中的频繁改变和潜在的可操作突变，并有助于确认下一代测序测试在患者与靶向治疗和免疫治疗匹配方面的临床实用性.
对来自肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤组织样本进行基因分型分析，发现在HCC患者中存在频繁的改变和潜在的可操作性突变，并有助于确认下一代测序（NGS）测试在将患者与靶向治疗和免疫治疗相匹配方面的临床实用性。
这项研究的作者，由纪念斯隆凯特林癌症中心（MSK）的医学博士詹姆斯哈丁（James J.Harding）领导，在他们发表的倾斜癌症研究报告中解释道有助于确定可能从标准系统治疗中获益的患者。“……我们的数据代表了第一次尝试将实时NGS与临床实践联系起来，并提供对这种研究方法的可行性和潜在影响的必要洞察，以指导患者护理。”
研究者完成了对127名特殊患者的134个样本的前瞻性NGS测试在MSK进行治疗，并将基因组学结果与来自癌症基因组图谱（TCGA）的结果进行比较。
“我们确认基因组学结果来源于回顾性分析的一组外科切除的、早期的、肝脏受限的hcc，并将这些观察结果扩展到更具代表性的晚期患者群体作为常规临床实践的一部分，“研究作者写道，”肿瘤组织样本和患者匹配的正常血液中的
DNA都用MSK-IMPACT进行了检测，这是一种基于杂交捕获的NGS分析，已获得纽约州卫生部和FDA的授权。在临床实验室改进修正案（CLIA）认证实验室
中进行检测。该试验检测了341个以上癌症相关基因，并确定了所有外显子和选择内含子中的单核苷酸变体、小索引、拷贝数改变和选定的结构重排。在研究期间，MSK-IMPACT被扩展到了410个基因，在70个病例中进行了测试，后来扩展到468个基因，在36个病例中进行了测试。同时检测肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）。TMB的计算方法是用非同步突变总数除以所分析的碱基数，MSI的定义是用所有被测微卫星中不稳定微卫星的百分比。
所有被识别的改变都被归类为可操作或不可操作，证据量表为1到4。1-2A水平的改变表明标准的治疗干预；2B-4水平的改变表明研究性改变，并可指导患者进行相关的临床试验。
基因组学发现
TCGA队列中的患者手术切除了肝脏局限性肿瘤，而MSK组还包括那些不符合根治性切除或移植的患者和那些局部复发/肝外肿瘤患者。MSK队列患者的中位年龄为65岁（15-85岁），79%为男性。49%有非病毒性病因，17%和35%分别有乙型和丙型肝炎病毒。百分之四十的患者患有巴塞罗那临床肝癌（BCLC）B期疾病。95%（n=127）的样本中发现了
的基因组改变，其中最常见的突变基因（≥10%）为：ngtert（55.6%）、CTNNB1（35.7%）、TP53（32.5%）、ARID1A（12.7%）和tsc2（10.6%）。在WNT通路的典型成员中，还发现了其他超过ctnnb1的改变。
我们的数据与先前关于肝癌癌基因改变的频率和总体分布的报告一致。具体地说，我们确认，预测导致WNT/β-catenin活化的突变存在于近一半的HCC中，并且代表一个独特的生物学子集，”Harding等人写道，
拷贝数的改变包括CND1/FGF19、MYC、MET、VEGFA和loss i的扩增nHLA-B。融合事件在队列中并不常见。
研究者很少发现与WNT通路改变相关的TP53突变（P=.003），这有助于分离HCC患者的2个基因组亚群。TP53突变在病毒介导的HCC与非病毒性疾病（45%对21%）中更常见，分别为：P=0.001），而WNT途径改变在病毒介导的疾病中不太常见（41%对60%；P=0.7），虽然这没有发现统计学意义。
MSK组的TMB中位数为4.08，与其他实体组织学比较，差异较小（标准推导，2.71）。在队列中未发现MSI高或高突变。
即使两组患者特征存在差异，但改变基因的相对比例没有显著差异。临床病理因素，如年龄、种族和组织学分级，未发现与基因组改变相关。
结果预测治疗反应
靶向治疗
87例患者（68.5%）接受了系统治疗，并且其余38例（29.9%）不符合全身治疗条件。索拉非尼治疗81例（63.8%），中位无进展生存期（PFS）为4.8个月。索拉非尼的中位总生存期（OS）为16.4个月，与已发表的大型试验结果相比，这一结果更为有利。
研究人员寻找了可能预测索拉非尼疗效的潜在基因组生物标记物。例如，mTOR通路的激活以前与索拉非尼的耐药性和更糟糕的结果有关。索拉非尼治疗的PI3K/mTOR途径有激活突变的患者，其临床受益率较低（8.3%对40.2%；P=0.05），中位PFS较短（1.9对5.3个月；HR，3.8；95%CI，2.0-7.5；P<0.0001），中位OS较短（10.4对17.9个月；HR，2.5；95%CI，1.21-5.31）；与那些没有PI3K/mTOR途径突变的患者相比，索拉非尼治疗中靶向的受体酪氨酸激酶的
改变对预后没有任何影响。激活WNT/MAPK和TP53通路的突变对预后也没有影响。
vegfa扩增被认为是对索拉非尼治疗反应良好的患者的潜在生物标记物，然而这些改变仅在3.9%的患者中观察到。此外，与传闻中提到的临床益处无关。
免疫疗法
31名患者（24.4%）接受免疫检查点抑制剂作为全身治疗。大多数患者接受抗PD-1/PD-L1单一疗法，5例联合CTLA-4、KIR或LAG-3靶向抗体接受PD-1抑制，27例可评价患者中，1例完全缓解，2例部分缓解，客观缓解率为11.1%。另有10名患者病情稳定。PFS中位数为5.4个月，OS中位数为12.9个月。
对免疫检查点抑制的放射反应与WNT途径的激活突变相关，但在发现WNT途径改变的10名患者中未见益处。这些患者的中位PFS较无改变者短（2.0对7.4个月；HR，9.2；95%CI，2.9-28.8；P<0.0001），OS数值较低（9.1对15.2个月；HR，2.6；95%CI，0.76-8.7；P=0.11）。研究作者指出，没有其他途径与检查点抑制剂治疗的反应性或耐药性相关。
TMB似乎也没有对治疗反应产生影响，因为两种反应的中位TMB都很低ders和nonresponders（分别为3.8和3.9；P=0.98）和中位PFS在TMB的中位水平3.8上下相似。
治疗匹配
至少在24%的患者中发现1个可操作的突变，在发现的潜在可操作突变中，
均为mTOR调节剂、TSC1（<1%）和tsc2（7%）中的截短和失活突变，这两种突变均被归类为2B级突变，还有一种突变（1.5%）和brca2突变（<1%）。有3.9%的患者出现了基因截断或纯合缺失，属于4级改变。fgf19缺失（6.3%）、notch1突变（1.5%）和致癌错义突变（小于1%）也被认为是4级，87例接受全身性治疗的患者中有
治疗中，5例与靶向mTOR或MET的药物相匹配，包括4例tsc1/2置换患者的埃维莫司（Afinitor）和1例复层患者的VEGFR/MET抗体。索拉非尼在5名早期进展患者中有4名在前线无效；二线靶向治疗对每一名导致病情稳定的患者更有利。第五位患者在进展前接受了5个月的一线治疗。
，虽然预期的NGS对肝癌的直接临床影响明显不如其他实体瘤，如肺癌和黑色素瘤，但24%的肿瘤具有潜在的可操作性改变，可能是靶点对于目前可获得FDA批准的药物，或正在积极临床开发的药物，”研究人员写道。“作为一个例子，我们的数据和其他系列特别支持使用TSC1/2替代物继续研究肿瘤中的mTOR抑制剂。”
作者指出，然而，在这一分析中并没有完全捕获肿瘤的异质性，而且它们也受到小样本量的限制。他们也没有解决病因等混淆变量。
参考：
Harding JJ，Nandakumar S，Armenia J，et al。肝细胞癌的前瞻性基因分型：下一代测序对靶向治疗和免疫治疗患者匹配的临床意义[发表于2019年2月6日在线]。临床癌症研究。doi:10.1158/1078-0432。CCR-18-2293.“
