在一次对靶向肿瘤学的采访中，Muhammed Murtaza，MBBS，博士讨论了TARDIS在早期乳腺癌治疗中的作用，以及支持其使用的数据.
他还强调了下一步验证这些结果的必要步骤以及乳腺癌领域液体活检的潜在临床价值.
Muhammed Murtaza，MBBS，PhD
Muhammed Murtaza，MBBS，PhD
到目前为止，液体活检在乳腺癌领域的作用还没有像在肺癌等其他癌症中那样明确。然而，一种称为靶向数字测序（TARDIS）的新型液体活组织检查方法在早期乳腺癌患者中显示出临床实用性。使用这种新的检测方法对循环肿瘤DNA（ctDNA）进行分析，有助于识别可能对新辅助治疗有疗效的患者。
与其他液体活检检测不同，TARDIS同时检测少量血液中的多个突变。通过分析血液样本中8到16个已知的突变，TARDIS能够检测出一管血液中96%的ctDNA。这种方法检测到这些片段在血液中的含量低至2/100000。
医生可以使用一次抽血来预测使用TARDIS进行治疗的分子反应，与其他液体活检方法相比，其他液体活检方法识别每次抽血1个突变。这种个性化的血液分析方法可能是未来在患者进行手术前确定新辅助治疗疗效的可靠方法。
“一个最重要的发现是，有反应的患者之间的ctDNA水平存在显著差异与手术时仍有残留疾病的患者相比，新辅助治疗效果非常好，”Muhammed Murtaza说，他是希望之城下属的转化基因组研究所（TGen）的首席研究员和助理教授。“我认为这项研究的意义是令人兴奋的，因为通过进一步的验证和对更大人群的进一步调查，我们可能能够确定哪些患者在手术时会有残余疾病，哪些患者已经完全反应…。然后你可以根据这个发现选择手术的范围、类型和额外的治疗【这个病人需要的】方法。
在一次对目标肿瘤的采访中，Murtaza讨论了TARDIS在早期乳腺癌治疗中的作用，以及支持其使用的数据。他还强调了验证这些结果所需的下一步步骤以及乳腺癌领域液体活检的潜在临床价值。
靶向肿瘤学：目前液体活检在乳腺癌中的作用是什么
”
Murtaza：我认为在整个肿瘤学中，液体活检在诊断癌症患者方面有着广泛的应用。正如你所能想象的，从晚期癌症转移疾病患者的一路走来，可操作的突变、基因分型和肿瘤进化的问题都是相关的，你可以努力到疾病的早期阶段，在疾病的治疗监测和检测是癌症诊断的一个开放性问题，一直到无症状且早期发现的癌症患者是目标。ctDNA分析在癌症患者中有许多应用。
特别是在乳腺癌中，目前临床上可用于肿瘤DNA分析的应用还不多。在某种程度上，这是因为转移癌患者的非侵入性基因分型一直是人们关注的焦点。乳腺癌中有有限数量的靶点是突变的，你可以直接从活检中找到。通常，在肿瘤活检中会发现。我认为这绝对是乳腺癌患者基因分型和肿瘤监测应用发展的一个领域。
靶向肿瘤：是什么使TARDIS分析与其他液体活检分析相比如此独特
”
Murtaza：我们开始这项研究的兴趣是使用ctDNA分析对早期c期患者进行治疗监测先驱者。我们立即意识到的一件事是，与晚期疾病患者相比，非转移性疾病患者的ctDNA水平要低得多，在20到100倍之间。这就产生了一个问题，如果你只是在寻找一个单一的突变，你可以从一个病人身上获得一个单一的血液管，你甚至可能没有足够的突变的肿瘤DNA片段来应对一管血液中的单一突变。
我们试图绕过这个问题并进行足够敏感度的测试的方法是将每个患者的数十个突变集中在一起。在这些病人中，你已经可以进行肿瘤诊断活检。我们对肿瘤活检进行外显子序列分析，并确定每个患者的肿瘤特异性体细胞突变。我们可以在他们的血液样本中同时瞄准几十个，而不是看基因组中的一个位置，在那里你可能有2000份你可以调查的DNA，现在你可以看，比如说，30倍的病变和30倍的拷贝，使你对[分析]更加敏感。
靶向肿瘤学：这项研究是如何设计的
”
Murtaza：本文的重点是证明该方法本身具有足够的灵敏度。我们花了很多时间优化[分析]，然后在商业上可以获得的参考材料中测试其性能，这些参考材料可以制造无细胞DNA。我们研究了不同肿瘤突变率水平的参考样本，共有16个突变。从那以后，我们一路往下确认，大约1%的肿瘤比例下降到3/100000，即0.003%。我们可以同时使用16个突变来显示，当我们使用DNA时，你通常可以在一根单管的血液中找到足够的表现，所以高达29克的DNA。在许多情况下，我们使用的数量远远少于这个数量，但在ctDNA的最低部分。
我们看到的性能实际上超过了现有的数据，这些数据来自于其他方法，无论是基因面板还是其他观察突变的方法，特别是因为我们的结果来自DNA，你通常可以从1到2管血液中得到。当然，如果你有无限量的DNA，那么这个问题就解决了。如果你有一公升的血，你可能是，但在病人非常，非常低的DNA敏感性，这在临床上是不实际的。这是演示这种方法能做什么的一部分。
然后我们看了这项研究的临床验证。我们观察了入选的患者，并在3个不同的地点收集了样本。这成为研究的一部分。首先是在亚利桑那州的梅奥诊所，然后是英国剑桥大学阿登布鲁克斯医院和加利福尼亚州的霍普市。我们有这3组患者，都是非转移性乳腺癌；这些患者中的大多数都有II期疾病。我们观察了在他们接受任何治疗之前，我们是否能够检测出基线中的ctDNA。然后，对于其中的一部分患者，他们接受了新辅助治疗，我们观察了新辅助治疗后和手术前获得的血样。我们问了一个问题，什么是检测到的ctDNA，在那一点上ctDNA的水平是多少？我们比较了这些患者是否有任何残留疾病或达到病理完全反应（CR），没有证据表明肿瘤样本上的肿瘤是在手术侧切除的。
靶向肿瘤学：您从这些分析中发现了什么
”
Murtaza：我们发现，在任何治疗前的基线检查中，100%的患者都能检测到ctDNA。这表明我们的试验与现有文献相比表现良好，其中非转移性乳腺癌患者的最高报告检出率约为75%。这是我们的第一个发现。
当我们观察新佐剂后的样本时，我们发现ctDNA的水平大约降低了6倍
