在安全层面，分子结构靶向治疗药物存有一些关联性不良反应如血压高、手足综合征等，培唑帕尼与舒尼替尼对比无显著区别。血液学毒性是医师和患者均较为头疼的不良反应，舒尼替尼对白细胞计数、血细胞的抑止较为严重，尤其是3～4级的血细胞降低发病率可以达30%上下，而培唑帕尼的血液学毒性较轻度，其优点显著。特别注意的是，培唑帕尼的肝毒性高过舒尼替尼。因而，临床医学运用中针对TKI药品的挑选，必须充分考虑患者的身体素质、一般情况、肝脏功能等多要素，因人有所不同的，执行精准医疗医治。
PISCES科学研究是评定患者共性挑选的知名科学研究。医治期内患者的不良反应、生活品质得分在该科学研究中都有一定的反映。依据患者意向随机分组，在其中一组患者先应用2个月的舒尼替尼，再拆换为培唑帕尼，另一组患者次序反过来。每一个患者在更替应用两药的情况下，可以对自身生活状态开展评分，依据自身的喜恶，优先某类药品。
科学研究结果显示绝大多数患者（70%）和医师（61%）趋向于挑选培唑帕尼，而小一部分（大概20%）的患者趋向应用舒尼替尼，仅有极少一部分患者对这二种药无喜好性。患者偏好培唑帕尼是由于它的不良反应比较轻，生活品质更好，相对性容易接受；而医师喜好培唑帕尼是由于该药的PFS、OS并不劣效于舒尼替尼，且其不良反应相对性比较轻，患者非常容易管理方法。该科学研究与传统的的根据存活、不良反应的临床研究各有不同，更能从生活品质层面表明培唑帕尼好于舒尼替尼。
COMPARZ是第一个头死对头较为TKI（培唑帕尼vs.舒尼替尼）一线医治末期肾细胞癌的临床研究，将1 110例初治的部分末期或肿瘤转移肾脏功能透明细胞癌患者随机分组，采用培唑帕尼800 mg/d不断给药计划方案，或舒尼替尼50 mg/d给药4周、断药2周的6周计划方案。在第6、12、18和24周时评定病况，自此每12周评定1次。在每一个周期时间的第28天鉴定患者汇报的结果。
数据显示，PFS为8.5个月（培唑帕尼）比照9.5个月（舒尼替尼）及OS为29.3个月（培唑帕尼）对比28.3个月（舒尼替尼）。尽管二者得到的PFS及OS贴近，无明显差别，即培唑帕尼在存活层面也未超过舒尼替尼，可是培唑帕尼的不良反应发病率显著小于舒尼替尼。
